日本国憲法はその基本原理の一つとして国民主権原理を採用しています。
憲法が国民主権原理を基本原理として採用していることは憲法の前文で「ここに主権が国民に存することを宣言し、この憲法を確定する」と述べられていることから明らかですが、この国民主権とは国の基本方針を決定する最終的な権限が国民にあることを意味します。
【日本国憲法：前文（※前半部分のみ抜粋）】
日本国民は、正当に選挙された国会における代表者を通じて行動し…（中略）…ここに主権が国民に存することを宣言し、この憲法を確定する。…（中略）…これは人類普遍の原理であり、この憲法は、かかる原理に基くものである。われらは、これに反する一切の憲法、法令及び詔勅を排除する。（以下省略）
すなわち、日本国憲法が国民主権に基本原理を置くことを宣言している趣旨は、国政の運営を天皇（君主）や権力者（政府）の判断にゆだねるのではなく、その最終的な決断に国民の民意を反映させて国民自らが決定することを要請している点にあると言えます。
ところで、この国民主権を実際の政治制度の場で実現させる手段としては「間接民主制」と「直接民主制」の２つの方法がありますが、上に挙げている憲法前文でも述べられているように、日本国憲法は「正当に選挙された国会における代表者を通じて行動…」することを求めていますから、日本国憲法が国民主権を実現する手段として「間接民主制（代表民主制）」の制度を採ることを要請していることは明らかと言えます。
つまり、日本国憲法は国家の意思決定を行う場合に、国民自らが議論と決議に参加する「直接民主制」ではなく、国民に選挙で選ばれた議員が議論と決議に参加する「間接民主制（代表民主制）」の制度的枠内で判断することを要請しているということになるわけです。
しかし、憲法の改正手続に関してはそう規定されていません。
憲法の改正手続きについては憲法第96条にその条文が置かれていますが、そこでは憲法改正案を発議することに国会の決議という「間接民主制（代表民主制）」が採用されている一方で、その国会で発議された憲法改正案の承認については国民投票という「直接民主制」を採用してその是非を判断させることにしているからです。
【日本国憲法第96条1項】
この憲法の改正は、各議院の総議員の３分の２以上の賛成で、国会が、これを発議し、国民に提案してその承認を経なければならない。この承認には、特別の国民投票又は国会の定める選挙の際行はれる投票において、その過半数の賛成を必要とする。
ではなぜ、日本国憲法は憲法を改正するための手続きにおいて憲法改正案の発議という点に「間接民主制（代表民主制）」による国会の決議を求めるだけでなく、あえて国民投票という「直接民主制」による手続きを介在させているのでしょうか。
憲法第96条が憲法改正案の承諾の是非を最終的に国民投票という直接民主制による判断に委ねた意図が問題となります。
間接民主制だけで憲法改正を認めると国家権力が恣意的に憲法を改正してしまう危険性がある
いま説明したように憲法第96条では憲法改正案のを発議する点について「間接民主制（代表民主制））」を採用して国会における決議を求めている一方で、その国会で発議された憲法改正案の承認に関しては国民投票という「直接民主制」を採用してその是非を判断することにしています。
ではなぜ憲法96条がその憲法改正の是非の最終的な判断を国民投票という「直接民主制」のによる判断手段に委ねているかというと、それは憲法によって権力行使に「歯止めをかけられる側」の国家権力が自らその歯止めを緩めるために恣意的に憲法を改正してしまう危険性があるからです。
（１）憲法改正案を作成して国会に提示するのは国家権力
憲法を改正する手続きを規定した憲法第96条1項の条文は上に挙げましたが、そこでは「憲法改正案を発議」することについて「国会の決議」が要求されていますので「憲法改正案を発議すること」自体に間接民主制（代表民主制）による国民の意思決定が介在されているといえます。
つまり、「憲法改正案を発議」すること自体には、国民から選挙で選ばれた議員が介在することになりますので、その「憲法改正案を発議すること自体」に国民の民意を反映させることは可能なわけです（※ただし、事前にその憲法改正に係る改正案の是非が争点となった衆議院選挙が行われていることが前提）。
しかし、その国会で「憲法改正案を発議」するためには、まず「誰か」が憲法改正案を作成して国会に提示しなければなりません。憲法改正手続における国会の役割は国会に提示された憲法改正案を議論してその憲法改正案を国会で発議するかしないか決議するところにあり、国会が全くの白紙状態から憲法改正案を「作成」するわけではないからです。
では、その国会に提示する憲法改案を「誰」が作成するかというと、それは「政権与党（または改憲勢力）という国会議員の総体」です。
憲法改正案を作成して国会に提出する権限については国会法の第68条の2に規定がありますが、そこでは「衆議院においては議員100人以上、参議院においては議員の50人以上の賛成を要する」と規定されています。
【国会法第68条の2】
議員が日本国憲法の改正案（中略）の原案（中略）を発議するには、第56条第1項の規定にかかわらず、衆議院においては議員100人以上、参議院においては議員50人以上の賛成を要する。
ですから、衆議院で100議席、参議院で50議席以上を確保した政党や勢力は、「憲法を改正したい！」と考えるのであれば自由に憲法改正案を作成して国会に提示し、国会でその憲法改正案を発議するか否か議論させることができることになるわけです。
そうすると、その憲法改正案を作成するのは与党や与党に追随する改憲勢力という国会議員の総体ということになりますが、国家権力である政府（内閣）はそれら与党と与党に賛成する議員の総体が内閣総理大臣を指名することによって形成されますので、その憲法改正案を作成する主体は国家権力そのものということになります。
つまり、憲法によって権力行使に「歯止めをかけられる側」であるはずの国家権力（与党または改憲勢力）が、その「歯止め」を緩めるために憲法改正案を作成できるという危険が包含されているのが憲法の改正手続といえます。
（２）権力者に衆参両議院で3分の2以上の議席を確保されれば自由に憲法を改正されてしまう
このように憲法改正案の「作成」には、国家権力である与党や改憲勢力が密接に関与しますので、憲法によって「歯止めをかけられる側」の国家権力が自由に憲法改正案を作成して国会に提示してその発議を迫ることができるという危険性が内在されているのが憲法の改正手続きの実際といえます。
もちろん、その国家権力が作成した憲法改正案は国会に提示され国会という議論の場で審議されますから、その国会を構成する議員が否決すればその憲法改正案は発議されませんので、国家権力が思いのままに憲法を改正できるわけではありません。
憲法第96条では憲法改正案の発議に「各議院の総議員の３分の２」以上という厳しい要件を課しており、衆議院と参議院でそれぞれ３分の２以上の議席を確保することは容易ではありませんから、仮に国家権力が憲法改正案を作成して国会に提示しても、多くの場合には国会で否決され発議されないことの方が多いからです。
しかし、それはあくまでも与党とそれに迎合する改憲勢力が衆議院と参議院でそれぞれ３分の２以上の議席を確保していない場合です。
仮に与党やそれに迎合する議員がいったん衆議院と参議院でそれぞれ３分の２以上の議席を確保してしまえば、もはや国家権力が作成する憲法改正案を国会で発議することに抵抗することができる人は誰もいなくなってしまうでしょう。
つまり、「間接民主制（代表民主制）」を採用した「憲法改正案の発議」を行う国会の決議では、時として国家権力の思いのままにその手続きを突破されてしまう危険性もあると言えるのです。
そのため、憲法第96条では憲法改正案が国会で発議された後でも、国民が自身の手で直接的に国家権力が作成して発議した憲法改正案を破棄することができるように、その最終的な是非の判断を「直接民主制」の制度となる国民投票にゆだねることにしているわけです。